La saison suivante, il participe à 37 matchs de championnat, reléguant Damien Grégorini (qui partira en janvier 2007), puis Lionel Letizi sur le banc des remplaçants, devenant ainsi titulaire à seulement 20 ans. Cette année sera celle de la révélation avec un rendement de haut niveau. Très courtisé, il prolonge son contrat d'un an.
À la fin de la saison 2008, des clubs importants comme l'Olympique lyonnais, le Milan AC ou Tottenham s'intéressent à lui. Lloris décide, après mûre réflexion, de rejoindre Lyon et Ederson, son ancien coéquipier à Nice[1]. Le joueur déclare : « La décision s'est imposée à moi progressivement. Lyon a montré une plus grande volonté, une réelle envie de travailler avec moi. C'est un honneur pour moi ».
Hugo Lloris signe un contrat de cinq ans pour une indemnité de transfert de 8.5 millions d'euros en faveur des Rhodaniens. L'OGC Nice garderait également un pourcentage de 15% sur un éventuel futur transfert de Lloris.
Le jeune gardien a la lourde charge de succéder à Grégory Coupet, pilier de l'Olympique Lyonnais, parti à l'Atletico de Madrid.
Hugo Lloris participe au stage de Tignes avec l'OL, mais ne peut jouer le premier match amical de l'Olympique lyonnais face au Nîmes Olympique à cause de sa blessure à la main contractée avec les Aiglons après un choc avec son désormais coéquipier, Kim Källström.
Hugo Lloris joue son premier match amical avec Lyon face au Rapid Bucarest et encaisse 2 buts.
Pour son premier match officiel avec Lyon, le 2 Août 2008 , face à Bordeaux pour le Trophée des Champions , il réalise un match de grande qualité, avec plusieurs arrêts décisifs, et plus particulierement celui qui se dirigeait dans sa lucarne sur le tir de Marouane Chamack, il a été impérial . Les deux équipes n'arrivant pas à se départager (0-0 à la fin du temps règlementaire) s'offrent une séance de tirs au but, Lloris brille encore et sort deux penalty. Malgré cela, l'Olympique Lyonnais s'incline (5-4 aux TAB), et perd son trophée qu'il détenait depuis 2002 (6 titres consécutifs). Raymond Domenech, le sélectionneur de l'équipe de France, était dans les tribunes et n'a sans doute pas été insensible à la prestation de ce talentueux jeune gardien.
